Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου συστήνεται στο Υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου. Σύμφωνα με τα διεθνή πρότυπα, αλλά και τον ελληνικό νόμο περί χρηστής
διαχείρισης του κρατικού προϋπολογισμού, αυτή η μονάδα θα είναι μια ανεξάρτητη, αντικειμενική, διαβεβαιωτική και συμβουλευτική υπηρεσία η οποία θα παρέχει βεβαίωση για την επάρκεια των συστημάτων διαχείρισης και ελέγχου του Υπουργείου και των φορέων του. Η Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου θα στοχεύει στη βελτίωση των διαδικασιών λειτουργίας αυτών και θα έχει ως απώτερο σκοπό τη βελτίωση της αποτελεσματικότητας της διαχείρισης των κινδύνων και της διαδικασίας της διακυβέρνησης.

Ειδικότερα, η Μονάδα θα αξιολογεί την επάρκεια της λειτουργίας του συστήματος εσωτερικού ελέγχου, αλλά θα προτείνει και βελτιώσεις όπου θα διαπιστώνονται αδυναμίες, έχοντας πάντα την δυνατότητα επιβολής δημοσιονομικών διορθώσεων όπου εντοπισθούν παρατυπίες. Η υπηρεσία αυτή επίσης θα έχει απεριόριστη πρόσβαση σε όλα τα έγγραφα και στοιχεία των ελεγχομένων, οι δε έλεγχοι που θα πραγματοποιούνται θα είναι οικονομικοί και χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης. Θα δύναται επίσης να διενεργεί ειδικές έρευνες, όταν απαιτείται, για την καταπολέμηση της απάτης και της κλοπής.

Παρόμοιες μονάδες υπάρχουν και λειτουργούν σε διεθνείς οργανισμούς (Ευρωπαϊκή Ένωση, Παγκόσμια Τράπεζα, ΟΟΣΑ, κ.ά.) και σε διάφορα κράτη της Ευρωπαϊκής Ένωσης, εδώ και πολλά χρόνια με μεγάλη επιτυχία.

Αξίζει να σημειωθεί ότι το Υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου είναι το
πρώτο Υπουργείο στην Ελλάδα που θα συστήσει Μονάδα Εσωτερικού
Ελέγχου (internal audit unit).

Ο Υπουργός Ναυτιλίας και Αιγαίου, Κωστής Μουσουρούλης, δήλωσε σχετικά:

«Η Μονάδα Εσωτερικού Ελέγχου μοιάζει με το νευρικό σύστημα του ανθρώπινου οργανισμού. Διακλαδώνεται μέσα σε ολόκληρο το Υπουργείο, μεταφέροντας μηνύματα, εντολές και αντιδράσεις από και προς τη διοίκηση. Η σύσταση της υπηρεσίας αυτής στο Υπουργείο Ναυτιλίας και Αιγαίου ανταποκρίνεται στο αίτημα για ουσιαστικές διαρθρωτικές αλλαγές στη δημόσια διοίκηση και για τη βελτίωση της διακυβέρνησης.»