Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή στην ανακοίνωση της απέστειλε στην Ελλάδα μία σειρά προτάσεων ώστε να διασφαλιστεί ότι η κρατική υποστήριξη στο ναυτιλιακό κλάδο στην Ελλάδα συμμορφώνεται με τις απαιτήσεις της Ευρωπαϊκής Ένωσης περί κρατικών ενισχύσεων. Πιο συγκεκριμένα η Επιτροπή θεωρεί ότι ενδεχομένως ορισμένες από τις υφιστάμενες “παροχές” πιθανώς να παραβιάζουν τους κανόνες της Ε.Ε. περί κρατικών ενισχύσεων. Ο “προβληματισμός” των Βρυξελλών εστιάζεται κυρίως στους μετόχους των ναυτιλιακών εταιρειών οι οποίοι επωφελούνται από προνομιακή φορολογική μεταχείριση η οποία κανονικά προορίζεται (σύμφωνα με την αρχική ελληνική νομοθεσία του 1975 και την γενικότερη πολιτική περί ανταγωνισμού της ΕΕ) για τους παρόχους υπηρεσιών θαλάσσιας μεταφοράς. Ομοίως η Επιτροπή “ανησυχεί” ότι το ευνοϊκό φορολογικό καθεστώς εκτείνεται επίσης σε μεσάζοντες της ναυτιλιακής βιομηχανίας καθώς και διαχειριστές πλοίων οι οποίοι δεν παρέχουν θαλάσσιες μεταφορικές υπηρεσίες.
Η Επιτροπή αναγνωρίζει την σημασία της διατήρησης μίας ανταγωνιστικής ναυτιλιακής βιομηχανίας στην Ευρωπαϊκή Ένωση. Στην ίδια ανακοίνωση αναφέρει ότι οι κανόνες περί κρατικών ενισχύσεων διαμορφώνουν ενιαίους κανόνες για το πως τα κράτη μέλη μπορούν να στηρίξουν τους παρόχους υπηρεσιών θαλάσσιας μεταφοράς, χωρίς να στρεβλώνεται ο ανταγωνισμός στο πλαίσιο της κοινής αγοράς. Συγκεκριμένα οι κατευθυντήριες γραμμές επιτρέπουν στα κράτη μέλη να φορολογούν τις ναυτιλιακές εταιρείες στη βάση τη χωρητικότητα του στόλου (tonnage tax) παρά στη βάση των πραγματικών τους κερδών. Αυτά τα μέτρα κατά την Eπιτροπή εισήχθησαν προκειμένου να ενθαρρυνθούν οι Ευρωπαίοι πλοιοκτήτες να υψώσουν στα πλοία τους σημαία κράτους μέλους της Ε.Ε. αλλά και να ασκούν την επιχειρηματική τους δραστηριότητα σε κράτος μέλος της Ένωσης, αποτρέποντας την μετεγκατάσταση της δραστηριότητας εκτός Ε.Ε. Παρόλ’ αυτά για να αποφευχθεί μία κούρσα επιδοτήσεων ανάμεσα στα κράτη μέλη αλλά και για να περιοριστεί η στρέβλωση του ανταγωνισμού που θα δημιουργούσε η κρατική στήριξη, αυτές οι παροχές κατά την Eπιτροπή πρέπει να εφαρμόζονται με συνέπεια σε όλα τα κράτη μέλη της Ε.Ε. αλλά και να συμβαδίζουν με τους όρους που θέτουν οι κατευθυντήριες γραμμές.
Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή εκφράζει στην ανακοίνωση της ανησυχίες ότι το σύστημα φορολόγησης με βάση τη χωρητικότητα που εφαρμόζει η Ελλάδα, δεν είναι στοχευμένο και ωφελεί τους μετόχους των ναυτιλιακών εταιρειών καθώς και εταιρείες οι οποίες πιθανώς δεν είναι αμοιγώς ναυτιλιακές. Η Επιτροπή ζητάει από την Ελλάδα να αναθεωρήσει το ποια πλοία είναι επιλέξιμα για ένταξη στο συγκεκριμένο φορολογικό καθεστώς και να αποκλείσει τα αλιευτικά σκάφη, τα ρυμουλκά λιμένος καθώς και τα σκάφη αναψυχής που ενοικιάζονται σε τουρίστες χωρίς πλήρωμα. Οι διαχειριστές αυτών των σκαφών θα πρέπει στο μέλλον, σύμφωνα με την ανακοίνωση, να υπάγονται στο φορολογικό σύστημα που ισχύει με βάση το εισόδημα.
Το ευνοϊκό φορολογικό καθεστώς θα πρέπει επίσης να πάψει, σύμφωνα με την ανακοίνωση, να ισχύει για ασφαλιστικούς μεσάζοντες, μεσίτες καθώς και για οποιονδήποτε άλλο μεσάζοντα αλλά και για τους μετόχους των ναυτιλιακών εταιρειών, εάν και εφόσον δεν διεξάγουν δραστηριότητες θαλάσσιας μεταφοράς.
Η απαίτηση της Επιτροπής δεν αφορά τον πυρήνα της ελληνικής ναυτιλιακής ποντοπόρου οικονομίας, δηλαδή την εκμετάλλευση φορτηγών πλοίων και δεξαμενοπλοίων. Αυτά τα πλοία της ποντοπόρου θα μπορούν να συνεχίσουν να επωφελούνται από το φορολογικό σύστημα με βάση τη χωρητικότητα, όσο όμως παραμένουν υπό σημαία κράτους-μέλους της Ε.Ε. ή της European Economic Area.
Η Ελλάδα έχει στη διάθεσή της δύο μήνες να ενημερώσει την Επιτροπή για το κατά πόσο συμφωνεί με τα προτεινόμενα μέτρα, στην οποία περίπτωση θα πρέπει να αναθεωρήσει τους εθνικούς κανονισμούς και νομοθεσίες με εφαρμογή το αργότερο την 1η Ιανουαρίου 2019. Αυτή η απαίτηση είναι σε συνάρτηση με το Μνημόνιο που έχει υπογράψει η Ελλάδα τον Αύγουστο του 2015 και το οποίο προβλέπει ότι η έκτακτη συνεισφορά από τις διαχειρίστριες εταιρείες θα διατηρηθεί μέχρι το τέλος του 2018.