Σημαντική είναι η προσφορά του ΙΜΟ στην προστασία και στη διατήρηση της θαλάσσιας βιοποικιλότητας. Πρόσφατη ανάρτηση βίντεο στην ιστοσελίδα του (30 Σεπτεμβρίου)
παρουσιάζει τη συνεισφορά του Οργανισμού στην προστασία του θαλάσσιου οικοσυστήματος.
Σημαντικό μέρος των εν λόγω πρωτοβουλιών του ΙΜΟ αποτελεί η αντιμετώπιση των επεμβατικών θαλάσσιων ειδών, τα οποία συνιστούν μία από τις μεγαλύτερες απειλές για τη διατήρηση της βιοποικιλότητας της θάλασσας.
Σύμφωνα με τα όσα αναφέρει ο ΙΜΟ, οι κατευθυντήριες γραμμές του σχετικά με τη διαχείριση του θαλάσσιου έρματος (ballast water), το bio-fouling και anti-fouling συμβάλλουν στην αποφυγή της μεταφοράς επιβλαβών υδρόβιων μικροοργανισμών από το ένα οικοσύστημα στο άλλο μέσω των πλοίων.
Παράλληλα, η Σύμβαση και το Πρωτόκολλο του Λονδίνου σχετικά με τη μείωση της απόρριψης αποβλήτων στη θάλασσα, καθώς και τη μείωση ραδιενεργών και βιομηχανικών αποβλήτων, αποτελούν εξίσου σημαντικές πρωτοβουλίες του Οργανισμού, οι οποίες προστατεύουν τη θαλάσσια χλωροπανίδα.
Το κανονιστικό πλαίσιο του ΙΜΟ σχετικά με τις εν λόγω πρωτοβουλίες περιλαμβάνει και την προστασία των Ιδιαίτερα Ευαίσθητων Θαλάσσιων Περιοχών (PSSAs), τις οποίες έχει θεσπίσει ο ίδιος ο ΙΜΟ, με ειδικά διαμορφωμένα μέτρα για τη διατήρηση των πολύτιμων οικοσυστημάτων τους, όπως είναι το ship routeing.
Μέχρι στιγμής, ο ΙΜΟ έχει ανακηρύξει 15 θαλάσσιες περιοχές ως PSSAs, συμπεριλαμβανομένων και του Μεγάλου Κοραλλιογενούς Υφάλου στην Αυστραλία (Great Barrier Reef) και των νησιών Γκαλαπάγκος.
