Τα ερείπια αρχαίων ναών αφιερωμένων στο θεό της θάλασσας, διάσπαρτα στη χώρα, μαρτυρούν τη στενή σχέση των προγόνων μας με το υδάτινο στοιχείο και αποκαλύπτουν πλήθος πληροφοριών για τις λατρευτικές συνήθειές τους.

Πιο γνωστός και καλύτερα διατηρημένος είναι ο ναός του Ποσειδώνα στο Σούνιο, πόλος έλξης των επισκεπτών της πρωτεύουσας. Πρόκειται για ναό δωρικού ρυθμού, τον κυριότερο μεταξύ άλλων αφιερωμένων στους θεούς των Αθηνών. Ο ναός πυρπολήθηκε κατά τη δεύτερη περσική εκστρατεία, αλλά ανοικοδομήθηκε με πρωτοβουλία του Περικλή. Η κατασκευή που σώζεται σήμερα αποπερατώθηκε γύρω στο 440 π.Χ. Η τοποθεσία σχετίζεται με το γνωστό μύθο του Θησέα, καθώς, σύμφωνα με τη μυθολογία, ο Αιγαίας έπεσε από το γκρεμό, αφού νόμισε πως ο γιος του ήταν νεκρός, αντικρίζοντας τα μαύρα πανιά στο καράβι που επέστρεφε από την Κρήτη.

Στο Ποσείδι της Χαλκιδικής βρίσκεται το ιερό του Ποσειδώνα, στο οποίο αναφέρεται ο Θουκυδίδης. Αποτελούταν από τέσσερα κτίρια: τον κυρίως ναό, δύο κτίρια εκατέρωθέν του και ένα αψιδωτό κτίσμα στο ανατολικό του μέρος. Το τελευταίο χρονολογείται στην πρωτογεωμετρική περίοδο (11ος-10ος αι. π.Χ).

Στα τέλη του 19ου αιώνα Σουηδοί αρχαιολόγοι άρχισαν ανασκαφές στο ναό του Ποσειδώνα στον Πόρο. Σύμφωνα με αναφορές του Παυσανία, ήταν ο χώρος που αυτοκτόνησε ο Δημοσθένης, κυνηγημένος από τους Μακεδόνες. Οι ανασκαφές εγκαταλείφθηκαν για να αρχίσουν πάλι το 1997, όταν αποκαλύφθηκε ότι επρόκειτο για ένα λατρευτικό συγκρότημα, με στοές, βουλευτήριο αλλά και μια ολόκληρη πόλη ανεπτυγμένη κοντά του. Ανάμεσα στα ευρήματα, μια τέλεια διατηρημένη επιγραφή, προσφορά της πόλης της Αρσινόης (Παλιόκαστρο Μεθάνων) στον Ποσειδώνα και κομμάτια κιόνων στους οποίους βρίσκονται χαραγμένες σημειώσεις του αρχαίου κτίστη.

Δυστυχώς ελάχιστα είναι τα «λείψανα» του ναού του Ποσειδώνα στην Ισθμία, ίσως λόγω της καταστροφής του από σεισμό τον 4ο π.Χ. αιώνα ή τη χρήση του οικοδομικού υλικού για την ανέγερση του Ιουστινιάνειου τείχους στην περιοχή. Με το πέρασμα των αιώνων έγιναν προσπάθειες ανοικοδόμησης (5ος αι., 4ος αι.), για να καταστραφεί τελειωτικά από το πέρασμα των Βησιγότθων.

Στο ακρωτήριο Ταίναρο συναντάται ο λατρευτικός χώρος του Ποσειδώνα. Το ιερό ήταν χτισμένο σε μια σπηλιά και η λαξευμένη στο βράχο διαδρομή προς το εσωτερικό του ναού προετοίμαζε τη μετάβαση προς τον Κάτω Κόσμο. Πίστευαν ότι εδώ, όπως στον Αχέροντα, βρίσκονταν οι Πύλες του Άδη, φυλασσόμενες από τον Κέρβερο.

Σημαντικό θρησκευτικό κέντρο στο Αιγαίο υπήρξε η Τήνος, η οποία γνώρισε μεγάλη ακμή ως λατρευτικός χώρος του Ποσειδώνα κατά τον 5ο π.Χ. αιώνα. Τον 3ο π.Χ. αιώνα έγινε επέκταση του ιερού και καθιερώθηκε η λατρεία της συζύγου του, Αμφιτρίτης. Ο αρχαίος θεός λατρευόταν και ως γιατρός, ενώ η Αμφιτρίτη ως προστάτιδα της γυναικείας γονιμότητας. Μάλιστα, στις αρχές του 20ού αιώνα ανακαλύφθηκε η «Ιερή Κρήνη», το νερό της οποίας πίστευαν ότι γιάτρευε τους ασθενείς. Ο ναός αποτελούσε απαραίτητη στάση των προσκυνητών της Δήλου, για κάθαρση στα λουτρά του. Αξίζει να σημειωθεί ότι αναφέρεται από τον Στράβωνα ως φημισμένος στην Ιταλία, τη Μικρά Ασία, αλλά και την Αφρική. Η λατρεία διήρκεσε μέχρι τον 4ο μ.Χ. αιώνα. Ο ναός λεηλατήθηκε και μάρμαρα του χρησιμοποιήθηκαν για την ανέγερση σπιτιών, εκκλησιών και τοιχίων στα χωράφια του νησιού. Η ολοκληρωτική καταστροφή του επήλθε επί Ενετοκρατίας και Τουρκοκρατίας.